L’histoire du Portugal est dominée par les découvertes des explorateurs maritimes, les plus importantes datant du début du XVe siècle. L’âge d’or portugais de l’exploration a été initié par Henri le Navigateur, qui voulait rompre le monopole arabe sur les voies de commerce africaines et asiatiques. Parmi les célèbres explorateurs portugais figurent Bartholomeu Dias, qui a été le premier Européen à passer le cap de Bonne-Espérance en 1487, Vasco de Gama, qui a découvert une route océanique du Portugal jusqu'en Inde, Pedro Alvares Cabral, qui a été le premier Européen à poser les yeux sur le Brésil en 1500, et Ferdinand Magellan, le premier à traverser tous les méridiens du globe. Cette époque est le témoin du succès des explorateurs portugais en ce qui concerne l’acquisition du monopole de la majeure partie du commerce des épices. Leurs expéditions vers le Japon et le Nouveau Monde ont apporté de grandes richesses et la puissance au Portugal. Les nouvelles découvertes n’ont pas simplement apporté des richesses incroyables en or, en argent et en épices, mais aussi en pouvoir et en influence. L’expansion du catholicisme est peut-être le résultat le plus durable de ces explorations.
Le1er novembre 1755, aux environs de 10 h 20, l’un des tremblements de terre les plus destructeurs et les plus meurtriers de l’histoire de l'humanité a touché Lisbonne. On estime qu'environ un quart de la population de Lisbonne, qui comptait alors 200 000 habitants, a été tué, mais le nombre de morts s’élève peut-être à 100 000. Le tremblement de terre, qu'on estime à environ 9 sur l’échelle de Richter, a été suivi par un tsunami et un incendie étendu qui ont détruit la majorité de la ville. L’événement a aggravé les tensions politiques au Portugal, mettant un frein à ses ambitions coloniales, mais a permis de créer la séismologie moderne. Malgré la catastrophe, et grâce aux énormes richesses coloniales du Portugal, une opération de réhabilitation a été mise en œuvre, et en quelques mois, la majeure partie du centre-ville de Lisbonne était déjà reconstruit. Les nouveaux bairros centraux néoclassiques de Lisbonne « antisismiques » étaient les premiers au monde à être conçus, et on dit que des marches de troupes étaient utilisées pour recréer l'activité sismique autour des bâtiments, pour en observer les effets. Cette reconstruction s’est toutefois concentrée sur la partie inférieure de la ville, et le déclin économique postérieur du Portugal empêcha la résurrection totale de Lisbonne. Même au début du XIXe siècle, on rapportait des structures en ruine qui n’avaient pas été reconstruites. Quelques bâtiments remarquables de style manuélin ont survécu au tremblement de terre, y compris la tour de Belém et le monastère de Jerónimos, tous deux classés sites du Patrimoine Mondial de l'UNESCO.
Le Castelo de São Jorge, qui date du Ve siècle, est de loin le bâtiment le plus ancien de Lisbonne. L’histoire urbaine de Lisbonne a véritablement débuté en tant que centre commercial pour les commerçants phéniciens qui expédiaient des conserves depuis l’ancienne Bretagne. On retrouve des traces de l'influence phénicienne datant du XIIIe siècle av. J.-C., mais selon la légende, l'ancienne Lisbonne a été fondée par Ulysse (en grec Odysseus), le célèbre roi grec d’Ithaque et héros de l’épopée de Homère, l’Odyssée. Ulysse aurait nommé la ville « Olissipo », ce qui signifie port « ravissant » ou « accueillant », et à l’arrivée des Romains, la capitale était connue sous le nom d’Olissipona. Les Romains ont construit des temples, des aqueducs et des bains dans la ville, ainsi qu'une grande nécropole, à l’emplacement de l’actuelle Praça da Figueira (place du Figuier). Au début du VIIIe siècle, Lisbonne a été envahie par les armées musulmanes en provenance d’Afrique du Nord et du Moyen-Orient, qui ont construit leurs mosquées à la place des temples romains. Ils ont également construit l’enceinte fortifiée de la ville appelée Cerca Moura, qui est toujours visible aujourd’hui. Alors que le commerce florissait sous le règne maure, Lisbonne est devenue plus cosmopolite, attirant des chrétiens, des Berbères et des juifs. En 1147, elle fut conquise par les chrétiens, ce qui donna lieu au massacre, à l’expulsion ou à la conversion des résidents musulmans et à la construction d'églises catholiques par dessus les mosquées.
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